1937年7月7日芦沟桥事变后，蒋介石决定在上海开辟新的战场，使中日战争成为全面持久的战争来拖垮日本。蒋介石向上海投入了70万大军，迫使日本向上海派出了以松井石根大将为司令的上海派遣军来与中国军队抗衡。为了打开上海战线的胶着局面，日军又派出以柳川平助中将为司令的第十军在杭州湾登陆夹击中国军队。1937年11月5日第十军在杭州湾登陆后，使中国军队面临背腹受敌的局面而被迫撤退。1937年11月9日，上海失陷。

　　上海陷落后，距离上海300多公里的首都南京直接处于日军的威胁之下。上海失陷两天后的1937年11月11日，蒋介石召集各路将领商讨保卫南京的问题。在该会议上，唐生智站出来激昂地说：“南京不仅是我国的首都，而且是国父之陵所在地。如果我们不战就放弃南京，怎么对得起国父的在天之灵？如果没有人愿意守卫南京，我愿意与南京共存亡。”蒋介石当即任命唐生智为南京城防司令，负责南京保卫战。

　　守卫南京的主力是刚从上海前线撤退下来的蒋介石的最精锐部队三十六师、八十七师和八十八师，以及由军事学院学生组成的教导总队（1万2千余人），一共包括8个军，15万人，其中三十六师、八十七师和八十八师是蒋介石最精锐的、由德国将军亲自训练的全德式装备的王牌师，教导总队更是主力中的主力。南京卫戍军区是军区级的单位，比一般军区不同的是，部队里还包括国军中不多的坦克兵团。

　　1937年11月20日，国民政府宣布迁都重庆。1937年12月1日以后，南京的政府机关已全部撤离南京，蒋介石夫妇也于12月7日飞离南京。在国民政府撤离前举行的中外记者招待会上，唐生智司令悲壮地发誓要和南京共存亡。南京的行政机构撤走后，将南京的行政责任委托给由德国人拉贝为首的十几个西方人组成的“国际委员会”。“国际委员会”在南京设立了一个保护一般平民难民的安全区。

　　12月8日，日军占领了南京的所有外围阵地，形成了对南京的三面包围，南京守军的唯一退路只剩下北渡长江一条路。可是唐生智却摆出了“背水一战”的布阵，将长江上的渡船全部销毁，自己断绝了南京守军的退路。唐生智还把三十六师布置在面临长江渡口的挹江门，下令如果有人试图向城外逃跑就开枪阻止。12月9日，松井司令向南京城内空投了“投降劝告书”，要求中国军队在12月10日以前投降，但中国军队没有理会，于是日军在12月10日对南京发动了总攻。

　　南京的城墙高达20米，宽13米，一般的山炮无法击破。日军首先向地形上比较容易进攻的光华门发动攻击，但守卫光华门的是最有战斗力的教导总队。战斗十分惨烈，日军曾一度占领光华门，又被教导总队发动反攻夺回。坚守中华门和雨花台的八十八师抵抗也十分顽强，到12月12日为止经过3天激战，日军仍没有能够突入南京城内。

　　可是在12月12日傍晚7点，唐生智却突然向各路守军发出撤退的命令，自己也背弃了与南京共存亡的誓言，于12月12日傍晚8点，乘坐为他保留的最后一条小汽艇北渡长江逃走。唐生智的带头出逃引起了南京守军的哗然，本来大家都准备战死到最后一个人，可是自己的司令却在最关键时刻首先背信逃走，还有谁愿意继续拼命抵抗？南京守军一下就发生总崩溃，完全失去了组织，官兵们开始各自设法逃命。

　　由于南京三面被日军包围，唯一可以逃跑之路就是北渡长江。于是大量士兵在无人指挥的情况下蜂拥向挹江门，试图北渡长江而逃。但唐生智并没有解除他对守卫挹江门发出的三十六师的不准任何人出城逃跑的命令，所以三十六师开枪阻止试图出城逃跑的守军，于是中国军队双方发生了交火，最后城内的守军动用准备进行街巷战的坦克，击破挹江门出城，随后的大量逃兵和试图逃跑的难民也乘势冲出城外。但渡江的船只已全部销毁，很多人就抓一块木板、一条树枝试图游水渡过近2公里宽的长江。但12月份的江水十分寒冷，绝大部分试图渡江的人全冻死在江中。